رسیدگی به اعتراضات نسبت به گزارش پایانی حسابرسی و جرایم تعیین شده در صلاحیت کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی خواهد بود. اعتراض‌کنندگان ظرف سی روز از تاریخ ابلاغ کتبی گزارش پایانی حسابرسی پس از ترخیص می‌توانند دلایل اعتراض خود را به تفکیک موضوع (ارزش، تعرفه و مقررات) به صورت کتبی به گمرک ایران تسلیم نمایند. گمرک ایران موظف است به اعتراض رسیدگی نموده و چنانچه دلایل عنوان شده در اعتراض موجه و مورد پذیرش قرار گیرد، گمرک نسبت به اصلاح و تعدیل گزارش حسابرسی اقدام خواهد نمود و در غیر اینصورت، دلایل رد اعتراض به صورت کتبی توسط گمرک به طرف حسابرسی شونده ابلاغ خواهد شد. طرف حسابرسی شونده ظرف ده روز از تاریخ ابلاغ ثانوی گزارش نهایی حسابرسی گمرک می‌تواند درخواست ارجاع پرونده به کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی را بنماید. ارجاع پرونده پس از گذشت مهلت سی روز از ابلاغ اولیه یا ده روز از ابلاغ ثانوی مقرر منوط به تامین مبلغ مطالبه شده خواهد بود.
تبصره حسابرسان گمرک ایران موظفند پس از انجام رسیدگی‌های خود و شناسایی نواقص، مراتب را طی گزارش کتبی جهت اصلاح سیستم، ثبت و بایگانی و اقدامات پیشگیرانه بعدی منعکس نمایند. پس از پایان و تکمیل گزارش حسابرسی و صدور نظر قطعی گمرک برای هریک از طرفهای حسابرسی شونده به صورت محرمانه شماره‌ای مبنی بر رتبه خطر آنها تعیین خواهد شد که این شماره مبنای ارزشیابی فعالیتهای مدیریت خطر طرف حسابرسی شونده قرار خواهد گرفت.
