وظایف و اختیارات گمرک ایران به شرح ذیل است:
الف ) اعمال سیاست های دولت در زمینه صادرات و واردات و عبور کالا
ب ) تشخیص و وصول حقوق ورودی و سایر وجوه قابل وصول قانونی توسط گمرک ایران
پ ) انجام تشریفات قانونی ترخیص و تحویل کالا به صاحب یا نماینده قانونی وی و بررسی اسناد ترخیص به منظور احراز صحت شرایط ترخیص و وصول کسر دریافتی یا استرداد اضافه دریافتی
ت ) کنترل و نظارت بر امر عبور کالا از قلمرو کشور
ث ) اجرای قوانین و مقررات مرتبط با بازارچه‌های مرزی، مرزنشینان و پیله وران
ج ) اعمال مقررات گمرکی درباره معافیت ها و ممنوعیت ها در بخش های صادرات قطعی ، صادرات موقت ، واردات قطعی ، واردات موقت ، کران بری ( کابوتاژ )، عبور داخلی کالا ، انتقالی ، معاملات پایاپای مرزی، فروشگاه های آزاد، بسته‌ها و پیک های سیاسی و پست بین‌الملل
چ ) اجرای قوانین و مقررات مربوط به تخلفات و قاچاق گمرکی، کالاهای متروکه و ضبطی
ح ) پیش‌بینی و فراهم نمودن زیرساخت های مورد نیاز برای اجراء و استقرار سامانه‌ها، رویه‌ها و روش های نوین همچون پنجره واحد در فعالیت های گمرکی
خ ) جمع‌آوری، تجزیه و تحلیل و انتشار آمار میزان واردات و صادرات کالا
د ) بررسی و شناخت موانع نظام گمرکی و برنامه‌ریزی درجهت رفع آن ها
ذ ) اظهارنظر درباره پیش‌نویس طرح ها، لوایح، تصویب نامه‌های مرتبط با امور گمرکی
ر ) اتخاذ روش های مناسب جهت هدایت و راهبری دعاوی حقوقی و قضائی در رابطه با امور گمرکی
ز ) آموزش کارکنان و نظارت و انجام بازرسی اعمال و رفتار کارکنان گمرک ، کشف تخلف و تقصیرات اداری آنان
ژ ) بازرسی از واحدهای اجرایی گمرکی و نظارت برعملکرد آن ها و ساماندهی کمی و کیفی مبادی ورودی و خروجی
س ) رسیدگی و حل اختلافات ناشی از اجرای قانون و مقررات گمرکی فی مابین گمرک و صاحب کالا برابر قوانین و مقررات مربوطه
ش ) گسترش ارتباطات بین المللی، انعقاد تفاهم نامه و موافقت نامه‌های گمرکی دو یا چند جانبه، عضویت و تعامل فعال با سازمان های بین المللی و گمرکی با رعایت اصل هفتاد و هفتم (۷۷) قانون اساسی و قوانین مربوطه
ص ) رعایت توصیه‌های سازمان جهانی گمرک، قراردادهای بازرگانی و توافق نامه‌های منعقده یا پایاپای در چهارچوب قوانین و مقررات مربوطه
ض ) رعایت مفاد قانون اجرای سیاست های کلی اصل چهل و چهارم (۴۴) قانون اساسی به منظور واگذاری امور غیرحاکمیتی گمرکی به بخش های خصوصی و تعاونی
ط ) استفاده از فناوری های نوین و تجهیز اماکن گمرکی به ابزارهای پیشرفته جهت افزایش کارایی و بهبود انجام تشریفات گمرکی
ظ ) تمهیدات لازم برای تسهیل امور تجاری، تشویق صادرات و گسترش عبور کالا
ع ) تسهیل فرآیندهای گمرکی با هدف توسعه گردشگری
غ ) انجام سایر وظایف گمرکی به‌موجب این قانون و یا سایر قوانین و مقررات
